ჯანმრთელობის დაცვის სახელმწიფო პროგრამების ფარგლებში აფხაზეთის ტერიტორიაზე ხდება ტუბერკულოზის, შიდსის სამკურნალო მედიკამენტების და ვაქცინების უზრუნველყოფა. ასევე გალის რაიონში ფინანსდება სასწრაფო სამედიცინო დახმარება, ამბულატორიული და სტაციონარული მოსმახურება. რეფერალური მომსახურების პროგრამის ფარგლებში, აფხაზეთიდან გადმოსული მოსახლეობისთვის (ნეიტრალური მოწმობის არ მქონეთათვის) ხდება სამედიცინო მომსახურების ანაზღაურება, ნეიტრალური პასპორტის მქონე მოქალაქეები საქართველოს მთელ ტეტირიაზე იღებენ იგივე სერვისევს რასაც საქართველოს მოქალაქეები, მათ შორის საყოველთაო ჯანდაცვის პროგრამის და C პატიტის მართვის პროგრამის ფარგლებში. გაეროს მოსახლეობის ფონდი აფინანსებს რეპროდუქციული ჯანმრთელობის და ოჯახის დაგეგმვის სერვისებს.

ევროკავშირის მონიტორინგის მისიის გრანტით, სამინისტრო აფზახეთის ტერიტორიაზე მყოფი 4 სამედიცინო დაწესებულებისთვის სექტემბრის თვეში შეისყიდის ინდივიდუალური დაცვის საშულაბებეს და ლაბორატორიულ ტესტებს.